Фамилия Гэинэ — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия, записанная на слух, с искажением исходной формы. Самая вероятная версия: Гэинэ — это русифицированная передача молдавской или румынской фамилии Găină (читается как «Гэинэ»). В румынском языке găină означает «курица». Прозвище, от которого образована фамилия, могли дать человеку по внешности, повадкам или роду занятий — например, птицеводу или торговцу птицей. В пользу этой версии говорит и то, что на территории бывшей Бессарабии (современные Молдова и Одесская область Украины) такие фамилии не редкость.

Менее вероятно, но не исключено, что Гэинэ — это искажённое написание фамилии с тюркскими или кавказскими корнями, где основа могла означать «глаз» или «свет». Однако в тюркских языках слово «кёз» (глаз) даёт фамилии вроде Кёз, Коз, а не Гэинэ. Поэтому румыно-молдавское происхождение остаётся основным.

Модель образования фамилии проста: прозвище Găină стало фамилией без добавления суффиксов, что характерно для молдавско-румынской традиции. В русском языке при записи фамилии могли заменить специфический румынский звук ă на «э», а конечное -ă — на «э» или «а». Встречаются варианты написания: Гэина, Гэинэ, Гайна. Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшего СССР — Молдове, Приднестровью, Одесской области.

В сословном отношении предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами. Фамилии, образованные от названий животных и птиц, в крестьянской среде — обычное дело. Поскольку фамилия редкая и не имела массового распространения, её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы.