Фамилия Гёкчян — армянская, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования. Типичный армянский суффикс -ян (или -янц) указывает на принадлежность к роду: «из рода такого-то» или «сын такого-то». В русской передаче фамилии из восточноармянского диалекта часто теряют конечное -ц, поэтому Гёкчян — это вариант фамилии Гёкчянц. Основа здесь — «гёкч» (գյոքչ), и это не армянское слово, а заимствование из тюркских языков.

Слово «гёк» (gök) в тюркских языках означает «небо» или «голубой, синий». Суффикс -ч (или -чи) образует названия профессий и занятий: буквально «гёкчю» — «небесный», «голубой», но, скорее всего, это прозвище человека, связанного с небесным цветом. В армянской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком с голубыми или серыми глазами — редкий для южных регионов признак, который сразу бросался в глаза и становился родовым именем. Альтернативная, менее вероятная версия — что «гёкч» восходит к названию города Гёкча (так раньше называли Севан), но тогда фамилия звучала бы как Гёкчацян или Севанцян, а не Гёкчян.

Географически фамилия Гёкчян характерна для армян, чьи предки жили в Западной Армении (исторические области Васпуракан, Эрзурум) или в регионах с сильным тюркским влиянием, где армяне перенимали бытовую лексику соседей. После геноцида 1915 года носители фамилии расселились по диаспоре — в России, Ливане, Сирии, Франции, США, а также в современной Армении.

Словообразовательная модель проста: тюркская основа + армянский патронимический суффикс. Это типичный пример того, как армянская фамилия вбирает в себя иноязычный корень, отражая многовековое соседство и культурный обмен в Закавказье и Малой Азии. Ударение в фамилии, по правилам армянского языка, падает на последний слог: Гёкчя́н.