Фамилия Гекек — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, это русифицированная запись тюркской или кавказской фамилии, где основа осталась без изменений, а на русский лад добавилось окончание, но не суффикс.

Корень «гек» или «гёк» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, турецком) означает «небо», «голубой» или «синий». В татарском «гөк» — синий, в турецком «gök» — небо. Повтор слога «гек» в фамилии Гекек — характерный для тюркских языков приём, часто означающий усиление признака или ласкательную форму. Таким образом, Гекек могло быть прозвищем человека с голубыми глазами, либо с небесно-голубым цветом чего-то в одежде или внешности. Вторая версия: фамилия могла образоваться от тюркского имени Гек (Гёк) с уменьшительным повтором, как это встречается в детских именах или прозвищах.

Географически фамилия Гекек чаще всего встречается в России среди народов Поволжья (татары, башкиры), а также у народов Северного Кавказа, где похожие звучания есть в аварском и кумыкском языках. Встречается и у крымских татар. В русских документах фамилия могла закрепиться при переписях XIX века, когда нерусские имена и прозвища записывали на слух, без перевода.

По социальному срезу: носители фамилии Гекек, скорее всего, происходят из крестьянского или ремесленного сословия, без дворянских корней. Фамилия не попала в гербовники и не фиксируется в дореволюционных списках знати. Если искать параллели, однокоренные фамилии — Геков (с русским суффиксом) и Гек (без окончания). Гекек отличается именно повторной основой, что делает её более редкой и локальной.