Фамилия Генендер — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и стандартная модель «основа + суффикс» здесь не работает: фамилия не имеет привычных русских окончаний -ов, -ин или -ский. Это указывает на позднее, скорее всего, искусственное или иноязычное происхождение.

Скорее всего, фамилия Генендер — это русифицированная форма немецкой или еврейской фамилии. В немецком языке основа «Genen-» может восходить к слову «genen» (устар. «против») или быть частью сложного имени. Однако более вероятна связь с фамилией Генендер (Genender), которая встречается у ашкеназских евреев. В таком случае она образована от мужского имени Гена (Генах) с добавлением суффикса -ер, который в идише и немецком языке указывает на принадлежность к роду («сын Гены»). Имя Гена — это уменьшительная форма от Генрих или от еврейского имени Генах (в русской традиции — Хаим, «жизнь»).

Вторая версия, менее распространённая, — топонимическая. Фамилия могла возникнуть у выходцев из населённого пункта с похожим названием, например, Генендорф (нем. Genendorf) или местечка Генен (Genen) в Восточной Европе. Переселенцы, оказавшись в Российской империи, получали фамилию по месту прежнего жительства, которую затем адаптировали на русский лад, отбросив немецкое окончание.

С точки зрения словообразования, фамилия Генендер — это «чистая» основа без типичных русских суффиксов. В России такие фамилии чаще всего встречались среди еврейского населения в черте оседлости (современные Украина, Беларусь, Молдова) или у немецких колонистов Поволжья и Причерноморья. Сословно носители могли быть мещанами, ремесленниками или торговцами — фамилия не указывает на дворянское происхождение.

В современной России фамилия Генендер крайне редка. Её носители, если они есть, почти наверняка имеют корни в еврейских или немецких семьях, переехавших в страну в XIX — начале XX века. Точную географию бытования установить сложно из-за малочисленности, но по косвенным данным, отдельные записи встречаются в центральных и южных регионах.