Фамилия Геня — пример того, как за коротким звучанием может скрываться целый веер версий, от имени до названия села. Самая прямая и распространённая гипотеза связывает её с уменьшительной формой имени Геннадий. В переводе с греческого это имя означает «благородный», «великородный», так что предок-Геня мог быть просто Геннадием, которого в быту звали сокращённо.

Но круг возможных имён-источников шире. Кроме Геннадия, основанием могла стать производная форма от Евгения (тоже «благородный»), от редкого Протогена («первенец») или Афиногена («потомок богини Афины»). В народной традиции такие длинные имена часто усекали до первого слога или корня, и Геня — одно из таких естественных сокращений.

Есть и географическая версия. В Болгарии, в Габровской области, существует село Геня. Если верить этой гипотезе, основатель рода мог получить прозвище по месту прежнего жительства — выходец оттуда, «геня». Версия правдоподобна для фамилий, которые закрепились за переселенцами, но требует подтверждения, что носители фамилии действительно имеют болгарские корни.

Особняком стоит еврейская версия. У евреев имя Геня (часто как женское) означает «приятная», «красивая» или «благо, радость». Здесь важно, что среди еврейских фамилий процент метронимических (образованных от имени матери) гораздо выше, чем у других народов. В XVIII–XIX веках в Европе еврейские женщины играли более заметную социальную и экономическую роль, чем их христианские соседки, поэтому фамилия могла закрепиться по материнской линии. Эта версия менее вероятна для русской фамилии в целом, но вполне возможна для конкретных семей.

Какую бы версию ни выбрать, ясно одно: фамилия Геня не имеет суффикса -ов или -ин, что для русских фамилий редкость. Такая «голая» форма чаще встречается у украинских, белорусских или еврейских фамилий, либо могла быть русифицирована уже в советское время. Поэтому при поиске своих корней стоит обратить внимание не только на значение имени, но и на регион, откуда родом семья.