Фамилия Геонджян — армянского происхождения, и её разбор стоит начать с географической привязки, а не с корня. Это типичная фамилия-топоним, образованная по распространённой восточноармянской модели: название места + суффикс -ян (патронимический, «из рода такого-то»). Основа «Геондж» или «Геонч» — это искажённое или диалектное название населённого пункта. Скорее всего, речь идёт о селе Геондж (или Гёндж) в исторической области Западной Армении (ныне территория Турции), возможно, в районе Эрзурума или Вана. Точное местоположение сегодня установить сложно — многие армянские топонимы были изменены или утрачены после геноцида 1915 года.

Суффикс -ян заменяет русское -ов/-ев и указывает на принадлежность: Геонджян буквально значит «из Геонджа» или «потомок выходца из Геонджа». В русской передаче фамилия сохранила армянское окончание без адаптации, что типично для фамилий, попавших в российские документы в XIX — начале XX века. Иногда встречается вариант Геончян, но он редок и, вероятно, отражает местное произношение.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем или прозвищем. В армянском языке есть слово «геон» (гевонг) — «пахарь», «земледелец». Тогда Геонджян могло бы означать «сын пахаря». Однако такая гипотеза слабее: суффикс -дж- в середине слова для прозвищного образования нехарактерен, а для топонимов — обычен. Поэтому версия с селом остаётся основной.

Носители фамилии — потомки армянских переселенцев из Западной Армении, которые после 1915 года осели в Восточной Армении (в советское время — Армянская ССР) или в диаспоре. В современной Армении фамилия встречается, но не входит в число самых массовых. В России и странах СНГ её обладатели — в основном потомки тех, кто переехал в ходе миграций XX века. Сословной принадлежности предков по фамилии не установить: армянские фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство.