Фамилия Гибиндус — редкий случай в русском ономастиконе. Её не встретишь в списках массовых крестьянских фамилий, и первое, что бросается в глаза, — нехарактерное для славянской модели окончание на -ус. Это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русская фамилия, а, скорее всего, латинизированная форма, возникшая в семинарской или академической среде.

В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях было принято «облагороживать» фамилии будущих священников, переводя их на латынь или придавая им искусственное книжное звучание. Основой для фамилии Гибиндус могла послужить фамилия Гибин или Гиба. Корень «гиб-» в русских говорах многозначен: он может восходить к слову «гибель» (прозвище неудачливого или худого человека), к диалектному «гибать» (гнуть, сгибать — прозвище горбатого или сутулого) или к личному имени типа Гиб (сокращение от Гиберт или Гибон, редких крестильных имён, попавших на Русь из западных святцев). Семинарист с такой «простой» фамилией получал при выпуске латинизированный вариант: к основе прибавляли суффикс -ин- (притяжательный) и типичное латинское окончание -ус. Так Гибин превращался в Гибиндус.

Вероятность того, что фамилия имеет польские или немецкие корни, невысока: в польском языке окончание -us встречается, но обычно в уменьшительных формах (Януш, Петрусь), а конструкция с -индус характерна именно для русской семинарской «латыни». В немецком языке фамилии на -us тоже есть, но они чаще оканчиваются на -ius (например, Гибиус), а не на -индус.

Географически фамилия могла закрепиться в тех регионах, где были сильны духовные учебные заведения: центральные губернии России (Ярославская, Костромская, Владимирская), а также южные территории (Киевская, Черниговская губернии), где семинарские фамилии были особенно распространены. Носители фамилии Гибиндус в подавляющем большинстве — потомки лиц духовного сословия, получивших искусственную фамилию при поступлении в семинарию или по окончании курса. Других версий происхождения — от географических названий или прозвищ, не связанных с учебой, — для этой фамилии не существует.