Фамилия Гипертрофимов — случай в русской ономастике почти уникальный. Она не крестьянская, не дворянская и не купеческая в привычном смысле. Её основа — медицинский термин «гипертрофия» (от греческих hyper — «сверх» и trophe — «питание»), который означает чрезмерное увеличение органа или ткани. В фамилию это слово превратилось искусственно, по книжной, а не народной модели.

Как такое могло получиться? Скорее всего, перед нами фамилия семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии по торжественным или назидательным понятиям — на латыни, греческом или церковнославянском. «Гипертрофия» звучит почти как «преизобилие», «избыток» — возможно, её выбрали как символ духовного роста или усердия. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Гипертрофимов» — буквально «сын Гипертрофия». Но имени Гипертрофий в святцах нет, так что это чисто книжное изобретение.

Другая, менее вероятная версия — прозвище. В народе могли назвать Гипертрофом (или попросту Гипером) человека необычно крупного, тучного или с какой-то заметной телесной особенностью. Однако для бытового прозвища слово слишком сложное и книжное — проще сказать «Большой» или «Толстый». Поэтому семинарское происхождение правдоподобнее.

Фамилия редкая, в массовых переписях XIX века почти не встречается. Носители её, скорее всего, были из духовного сословия или из семей, где ценили образование. Географически могла закрепиться в центральных губерниях России, где семинарские фамилии давали особенно охотно.

Сравните с однокоренными: Гипертонов, Гиперболов — все они того же ряда, искусственные, «кабинетные». Гипертрофимов выделяется тем, что её корень — не абстрактное понятие, а медицинский термин, что придаёт фамилии оттенок иронии или научной забавности.