Фамилия Гисис — один из тех случаев, когда носитель русского языка сразу чувствует: перед ним не исконно славянская фамилия. Она короткая, не имеет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, и её основа не переводится с помощью привычных словарей. Всё это указывает на иноязычное, скорее всего еврейское, происхождение.

Скорее всего, фамилия Гисис образована от мужского личного имени Гис (или Гиса), которое является уменьшительной формой библейского имени Иегошуа (Иисус Навин) или же от имени Гирш (в переводе с идиша — «олень»). В среде евреев-ашкеназов было распространено образование фамилий от сокращённых обиходных имён с помощью суффикса -ис. Этот суффикс, характерный для фамилий еврейского происхождения, указывал на принадлежность к роду: «Гисис» буквально означает «сын (или потомок) Гиса».

Географически фамилия Гисис наиболее типична для еврейских общин Литвы, Беларуси и восточной Польши — регионов, входивших в черту оседлости Российской империи. Именно там в XIX веке, во время массового присвоения фамилий, и закрепилась эта модель. Встречается вариант написания Гысис, что может быть связано с особенностями произношения в разных диалектах идиша.

Словообразовательная модель проста: основа (Гис) + суффикс принадлежности (-ис). Никакой дополнительной семантики вроде ремесла или прозвища здесь нет. Фамилия — чистый патроним, то есть «перекличка» по отцу или деду. В отличие от многих русских фамилий, где суффикс может указывать на географию или сословие, здесь он однозначно маркирует этническое происхождение. Носители фамилии Гисис — потомки людей, которые в XIX веке жили в местечках Северо-Западного края и получили фамилию по имени предка.