Фамилия Глхатян — почти наверняка армянская, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический суффикс в армянском языке, аналог русского -ов/-ев. Он означает «принадлежащий к роду такого-то», то есть Глхатян — потомок человека по прозвищу или имени Глхат.

Корень здесь — «глха» (գլխա-), который восходит к армянскому слову «глух» (գլուխ) — «голова». В армянском этот корень входит в состав множества сложных слов и прозвищ. Скорее всего, основа фамилии — «глхат» (գլխատ), что в буквальном переводе означает «головорез» или «отрубающий голову». Звучит грозно, но в средневековой Армении такое прозвище могло закрепиться за палачом, воином, а то и за человеком с тяжёлым характером или непокладистой натурой, которого в шутку или всерьёз прозвали «отсекателем голов».

Есть и другая, более мирная версия. В армянском языке слово «глхат» может означать «главарь», «предводитель» (от «глух» — голова и «-ат» — суффикс деятеля). В этом случае прозвище Глхат давали старшине общины, сельскому старосте или руководителю ремесленной артели. То есть предок носителя фамилии мог быть не столько воином, сколько начальником.

Фамилия Глхатян — довольно редкая. Она не входит в число самых массовых армянских фамилий (типа Петросян или Арутюнян), что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, она возникла в одном из сёл исторической Западной Армении (ныне восток Турции) или в Нагорном Карабахе, где диалекты сохранили слово «глхат» в значении «глава». Однокоренные фамилии — Глухян, Глхаджян, Глханян — встречаются у армян диаспоры, но Глхатян отличается именно суффиксом деятеля -ат, что делает её этимологию более конкретной: не просто «голова», а «тот, кто с головой» или «тот, кто отсекает головы».