Фамилия Гльондер — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не славянского происхождения, и её написание, с буквой «г» в начале и мягким «ль», сразу выдает иноязычный корень. Скорее всего, перед нами фамилия, занесённая в Россию переселенцами или специалистами из Западной Европы, и адаптированная кириллицей.

Наиболее вероятная версия — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке существует фамилия Glönder или Glender. Её основа может восходить к диалектному глаголу glönden (блестеть, сверкать) или к слову Glanz (блеск). В таком случае прозвище Гльондер мог получить человек с яркой внешностью, например, со светлыми волосами или блестящими глазами. Другая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с топонимом — названием местечка Глёнд (Glend) в Германии или Австрии, откуда мог происходить первый носитель.

Русский суффикс в фамилии отсутствует: окончание -ер (в оригинале -er) — это немецкий суффикс деятеля, типичный для фамилий, образованных от профессий или характеристик. В России такие фамилии не склонялись по падежам, как иноязычные, и закрепились в мужском роде. Встречаемость фамилии Гльондер крайне низкая, в основном она фиксируется в центральных регионах России и в Сибири — в местах компактного проживания немецких колонистов или ссыльных. Сословно предки могли быть ремесленниками, крестьянами или мелкими чиновниками, но точных данных нет. Если фамилия еврейская, то её носители, вероятно, были жителями местечек черты оседлости, где подобные фамилии адаптировались на русский лад.