Фамилия Гнитченко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который означает «сын» или «потомок». В основе лежит имя или прозвище Гнитка, Гниток, а тот корень, в свою очередь, связан с древнерусским словом «гнити» — гнить, портиться, разлагаться. На первый взгляд, звучит неприглядно, но в ономастике такие прозвища были рабочими: Гнилым или Гнилкой могли назвать человека болезненного, слабого, либо того, кто жил в сырой, болотистой местности, где всё прело. Имя не было обидным — скорее констатирующим, как и многие «некрасивые» прозвища той эпохи.

Суффикс -енко в Гнитченко указывает на происхождение из центральной или левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина). В XVII–XVIII веках эта модель стала доминирующей среди казацкой старшины и крестьян, поэтому фамилия Гнитченко — не дворянская, а народная, массовая. Параллельные формы — Гнитенко, Гниткин, Гнитюк — встречаются реже, но все они восходят к тому же корню.

Есть и менее очевидная версия: не от «гнилой», а от диалектного «гнити» — давить, мять (например, лён). Тогда Гнитченко — потомок того, кто мял лён или трепал коноплю, то есть прозвище по ремеслу. Эта гипотеза слабее, потому что в письменных источниках XVI–XVII веков фамилии на «гнит-» чаще фиксируются именно с негативным значением, а не с ремесленным.

Географически фамилия сегодня распространена в Украине (особенно в Черкасской, Полтавской и Сумской областях) и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Встречается и вариант с удвоенной «н» — Гни́тченко, но он скорее результат ошибки писаря при переписи.

Если коротко: предок носителя этой фамилии, скорее всего, жил в сырой низине или имел хрупкое здоровье, а фамилию ему дали по характерному признаку — без злого умысла, по-соседски.