Фамилия Гнсакова — редкий случай, когда написание загадочнее, чем происхождение. Первое, что бросается в глаза: необычное сочетание «гнс» в корне. В русском языке такое стечение согласных встречается редко, и это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русская, а, скорее всего, фамилия, возникшая на стыке языков или в результате искажения исходной формы.

Скорее всего, основа фамилии восходит к тюркскому или кавказскому корню. Самый вероятный вариант — от личного имени или прозвища Гнсак (или Гынсак). В тюркских языках корень «гын» или «гынсак» может быть связан со словами, означающими «месть», «обида» или «злопамятный» (ср. казахское «кек» — месть). В таком случае Гнсак — это человек, которого прозвали за обидчивый или мстительный характер. Менее вероятная, но возможная версия — искажение фамилии Гансаков, где основа «ганс» восходит к немецкому Gans (гусь) или к имени Ганс (Иван). Однако для фамилии с таким написанием в русских документах обычно встречаются варианты с гласной между согласными.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую модель образования: «чей?» — Гнсаков, то есть сын или потомок Гнсака. Окончание -а — женский род. Таким образом, носительница фамилии Гнсакова — потомок человека по прозвищу или имени Гнсак.

Географически фамилия, скорее всего, привязана к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими народами: Поволжье, Урал, Сибирь, Северный Кавказ. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном характере и, возможно, о том, что она возникла в одной-двух крестьянских или казачьих семьях и не получила широкого распространения.