Фамилия Годионенко — характерный пример украинской модели фамилий, образованных от крестильных имён с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, буквально означает «сын» или «потомок», поэтому Годионенко изначально понималось как «сын Годиона».

В основе фамилии лежит имя Годион — народная, упрощённая форма канонического имени Гедеон (в западной традиции — Гидеон). Такое фонетическое изменение (замена начального «Ге» на «Го») типично для восточнославянской речевой среды: так же, как Гавриил превращался в Гаврилу, а Георгий — в Егора.

Значение имени Гедеон восходит к древнееврейскому слову «гидьон», что переводится как «владеющий оружием», «рубака» или «воин». Эта семантика напрямую связана с библейским сюжетом: Гедеон — ветхозаветный судья и прославленный военачальник, который одержал победу над мадианитянами с помощью трёхсот воинов. В народе он получил прозвание Иероваал, то есть «противоборец Ваалу», за то, что разрушил жертвенник языческому божеству. Православная церковь почитает праведного Гедеона, родом из Оффы, день его памяти приходится на 9 октября.

Фамилия Годионенко нередко встречается в украинских метрических книгах и реестрах казаков, что указывает на её давнее бытование на территории Левобережной и Правобережной Украины. Интересно, что в некоторых говорах имя Годион могло закрепиться не только как производное от Гедеона, но и как самостоятельное прозвище, связанное с глаголом «годити» — угождать, быть годным. Однако основная, наиболее правдоподобная версия остаётся церковной: предок носителя фамилии был крещён именем Гедеон, которое в быту превратилось в Годион, а его дети и внуки получили фамилию Годионенко.