Фамилия Годионенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Гедеон. Фамилия Годионенко образовано от имени Годион, представляющему собой форму имени Гедеон (Гидеон). Оно восходит к существительному «гидьон», которое переводится с древнееврейского как «владеющий оружием, рубака». Покровителем имени Гедеон считается праведный Гедеон родом из Оффы, день поминовения которого приходится на 9 октября. В Ветхом Завете он упоминается как судья израильский и прославленный военачальник. В народе Гедеон получил прозвание Иероваал, то есть «противоборец Ваалу», за то, что разрушил жертвенник, установленный в честь этого языческого божества. Поэтому Годионенко буквально понималось как «сын Годиона».