Фамилия Годовченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей в Поднепровье и на Слобожанщине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький», «сын такого-то», превращая личное имя или прозвище в фамилию-отчество. В случае Годовченко основа — Годовко, а это, в свою очередь, уменьшительная форма от имени Год или от прозвища Год.

Корень «год» в славянских языках многозначен. Самое прямое значение — «время, определённый срок». Но в древнерусском и диалектах слово «год» означало также «пора, время года» и даже «праздник». Прозвище Год могли дать человеку, родившемуся в удачный или памятный день, либо тому, кто отличался степенностью и «годился» к делу. Встречается и версия, что Год — это сокращение от канонического имени Годослав (славянское имя с основой «год» в значении «годиться, быть пригодным»), но для фамилии Годовченко эта гипотеза менее вероятна: такие имена в быту чаще давали в полной форме.

Географически фамилия Годовченко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Харьковской. Это типичная казацкая фамилия: носители суффикса -енко в массе своей были свободными людьми, реестровыми казаками или мещанами, а не крепостными. В ревизских сказках XVIII века Годовченко часто встречаются среди жителей сёл и хуторов, где основой хозяйства было земледелие и скотоводство.

Интересно сравнить Годовченко с однокоренными фамилиями: Годов, Годовиков, Годовалов. Первые две — русские, с патронимическими суффиксами -ов/-ев, и образованы напрямую от имени или прозвища Год. Годовалов — более редкая фамилия, связанная с прозвищем Годовал («годовалый»). Годовченко же стоит в ряду типично украинских фамилий, где уменьшительный суффикс передаёт не столько размер, сколько родство: Годовченко — буквально «сын Годовка», то есть потомок человека с прозвищем Год.

В написании фамилии возможны варианты: через «а» — Гадовченко, но это искажение, возникшее под влиянием акающего произношения. Исторически правильная форма — с буквой «о» в корне, что подтверждается старыми метрическими книгами. Сегодня фамилия встречается и в России, куда её принесли переселенцы с Украины в XIX–XX веках, но её украинское происхождение остаётся бесспорным.