Фамилия Гокудера в русском контексте — явление нерусское, и её разбор требует другого подхода, чем привычные славянские модели на -ов или -ин. Она не вписывается в схему «прозвище + суффикс», а пришла из японского языка, где фамилии писались иероглифами и имели конкретное лексическое значение.

В японском языке фамилия Гокудера (獄寺) состоит из двух иероглифов: первый — «гоку» (獄) означает «тюрьма» или «темница», второй — «тера» (寺) переводится как «буддийский храм». Буквально это можно понять как «тюремный храм» или «храм при тюрьме». В средневековой Японии такие названия могли закрепиться за семьями, которые жили рядом с храмом, выполнявшим функции места заключения, или за теми, кто служил при подобном учреждении. Встречаются и более мирные трактовки: иероглиф «тера» очень распространён в японских фамилиях и указывает на связь с буддийской общиной, а «гоку» могло быть не буквальным указанием на тюрьму, а, например, частью топонима.

Фамилия Гокудера — редкая даже в самой Японии. Она не входит в списки распространённых японских фамилий и не имеет массовой географии. В России и других странах бывшего СССР она практически не встречается, за исключением единичных случаев, связанных с межнациональными браками или потомками эмигрантов. В русском языке фамилия склоняется как существительное женского рода (Гокудеры, Гокудеру), если принадлежит женщине, и как мужская фамилия с нулевым окончанием (Гокудеры, Гокудеру) для мужчин, хотя в устной речи часто остаётся неизменяемой.

Поскольку фамилия не славянская, её нельзя разобрать по модели отчества или прозвища. Правдоподобная версия одна: это японская фамилия с прозрачной иероглифической этимологией, указывающая на географическую или социальную привязку предков к буддийскому храму, возможно, имевшему необычную функцию. Никаких альтернативных гипотез о русском или ином происхождении не существует — это чистый случай заимствования.