Фамилия Голидонов — один из тех редких случаев, когда основа не бросается в глаза и не прочитывается сразу. Если отбросить типичный русский суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Голидона), остаётся корень Голидон-. В русской ономастике слово «голидон» не фиксируется ни как нарицательное имя, ни как прозвище. Скорее всего, перед нами адаптация иноязычной основы, которую переделали под привычную модель.

Наиболее правдоподобная версия — связь с греческим именем Каллидон или Каллистрат. В народной речи греческие имена часто упрощались: Каллидон мог превратиться в Голидона через замену начального «к» на «г» (распространённое явление в южнорусских и украинских говорах) и утрату одного «л». Суффикс -он в данном случае не уменьшительный, а остаток греческого окончания. Тогда Голидон — это разговорная форма крестильного имени, а Голидонов — «сын Голидона». Такие фамилии характерны для потомков духовенства или крестьян, получивших фамилию по имени отца, но в церковной среде греческие имена встречались чаще.

Вторая гипотеза, менее убедительная, выводит фамилию от прозвища Голид, связанного с диалектным словом «голидкий» (голодный, тощий) или «голида» (бедняк). Но тогда логичнее было бы ожидать форму Голидов или Голидин, а не Голидонов. Появление суффикса -он в прозвищной основе — редкость и требует дополнительных объяснений.

Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах встречается преимущественно в южных губерниях России — Курской, Воронежской, Харьковской. Это косвенно подтверждает греческое влияние: на юге, особенно в среде казачества и духовенства, греческие имена бытовали активнее, чем в центральных областях. В современной России носителей Голидоновых — единицы, что делает фамилию ценной для генеалогического поиска: найти своих предков по такой фамилии проще, чем по распространённой.