Фамилия Голинченко образована по одной из самых распространённых моделей в украинской ономастике — с помощью суффикса -енко. В буквальном смысле он означал «сын» или «потомок», а в более широком значении — принадлежность к роду. То есть Голинченко — это потомок человека по имени или прозвищу Голинка, Голина или Голя.

Сам корень, скорее всего, восходит к прилагательному «голый» или глаголу «голить» (брить, делать гладким). В старину на Руси и в Украине прозвище Голя, Голина, Голый давали человеку по разным причинам. Самая прямая — бедняк, не имеющий имущества, «гол как сокол». Но был и другой, бытовой смысл: так могли прозвать лысого или брившего голову человека, а также того, кто носил поношенную, худую одежду, «голяк». В говорах слово «голина» означало ещё и открытую, безлесую местность, степь — прозвище могло закрепиться за выходцем из такой местности.

Менее вероятна, но допустима связь с топонимом. На Украине есть несколько сёл с названием Голинка, например в Сумской и Винницкой областях. Фамилия Голинченко в таком случае могла возникнуть у человека, который переселился из села Голинка — тогда она означала бы «выходец оттуда». Однако суффикс -енко чаще указывает на отчество, чем на место жительства, поэтому версия с прозвищем или личным именем выглядит убедительнее.

Фамилия типично украинская по форме и ареалу. Суффикс -енко особенно массово распространился на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской, Харьковской губерниях и на Слобожанщине. В России Голинченко можно встретить в областях, граничащих с Украиной, а также среди потомков переселенцев XIX — начала XX века.

Сословного барьера у фамилии не было: «енко» носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Голинченко в открытых источниках нет, но это обычная ситуация для массовой фамилии, не попавшей в родословные книги.