Фамилия Голобоченкова — редкий пример, где хорошо видно, как женская форма сохранила древнюю основу, почти исчезнувшую в мужском варианте. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, эта образована не от имени или профессии, а от прозвища, которое описывало внешность.

В основе лежит слово «голобокий» — так в русских говорах называли человека с голым боком, то есть либо бедно одетого, либо того, у кого по какой-то причине был оголён бок (например, рваная одежда). В северных и сибирских говорах слово «голобокий» зафиксировано и как прозвище, и как прилагательное для бедняка. Суффикс -енк- в Голобоченкова указывает на малороссийское или западнорусское происхождение: в украинской и белорусской традиции -енко (Голобоченко) — типичный патронимический суффикс, а на русском севере -енк- могло быть уменьшительным. Переход «голобокий» в «Голобоченко» произошёл через чередование к/ч — типичное для восточнославянских языков (ср. «бок» — «бочок»). Таким образом, Голобоченкова — это жена или дочь Голобоченко, то есть потомка человека по прозвищу Голобокий.

Интересная деталь: фамилия встречается в основном в двух регионах — в Курской области (где сильны украинские говоры) и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. В переписях XIX века по Томской губернии фиксируются крестьяне с фамилией Голобоченковы, причём почти все — из числа государственных, а не помещичьих крестьян, что косвенно подтверждает прозвищное происхождение: бедняк, ходящий в рваной одежде, вряд ли был крепостным богатого помещика.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Голобоков, Голобокий, Голобоченко) показывает, что форма Голобоченкова — самая редкая. В современных телефонных справочниках России её носительниц насчитывается не более нескольких десятков, и почти все они — женщины, так как мужская форма Голобоченков практически вышла из употребления.