Фамилия Гомодрофобина — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение вызывает вопросы даже у специалистов. С первого взгляда бросается в глаза основа, напоминающая современные заимствованные термины «гомофобия» или «гомо-» (от греч. homos — «одинаковый, равный»), но для русских фамилий XVIII–XIX веков, когда они массово закреплялись, такие греческие корни в прозвищах нехарактерны. Скорее всего, перед нами результат народной этимологии или искажения более древней основы.

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от прозвища Гомодрофоб, которое могло сложиться из двух частей. Первая часть — «гомо-» не от греческого, а от диалектного или просторечного «гомон» (шум, гам, галдёж) или «гомозить» (суетиться, возиться, шуметь). Вторая часть — «дрофоб»: так в некоторых говорах могли называть охотника на дроф (крупных степных птиц) или, с иронией, человека, который их боится (от «дрофа» + «фоб» как шутливый суффикс-полукалька). То есть Гомодрофоб — это «шумный охотник на дроф» или, в переносном смысле, суетливый, беспокойный человек, который «гоняется за дрофами» — занимается пустяками. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Гомодрофоба, жена Гомодрофоба.

Другая, менее правдоподобная гипотеза — что фамилия искусственная, семинарская. В духовных училищах иногда создавали фамилии из греческих корней, но «гомо-» (равный) и «дрофоб» (боящийся дрофы) не складываются в осмысленное понятие. Скорее всего, это народное прозвище, закрепившееся в каком-то одном регионе — возможно, в южнорусских степях, где водились дрофы, а слово «гомон» было в ходу. Фамилия настолько редкая, что её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы, и со временем написание могло упроститься или измениться под влиянием грамотности.