Фамилия Гомункулус — случай в русской ономастике почти уникальный. Она не вписывается ни в одну из привычных моделей: здесь нет суффикса -ов, -ин, -ский или -их, которые указывали бы на отчество или принадлежность к роду. По сути, это застывшее латинское слово homunculus — «человечек», «маленький человек». В средневековой алхимии так называли искусственно созданное существо в колбе. Как такая фамилия могла появиться у русского человека?

Самая вероятная версия — искусственное происхождение. В России XVIII–XIX веков фамилии нередко давали воспитанникам духовных семинарий. Будущим священникам, чтобы выделиться или подчеркнуть образованность, придумывали фамилии на латыни или греческом — например, Розов (от rosa), Сперанский (от spero — «надеюсь»), Цветаев. Гомункулус мог быть присвоен семинаристу за маленький рост, тщедушное телосложение или, напротив, как ироничное прозвище от латинского урока. Такие «книжные» фамилии не передавались по наследству в крестьянской среде, а оставались у духовенства и разночинцев.

Менее вероятно, но нельзя исключать, что фамилия возникла как прозвище в среде, где латынь была в ходу — например, среди учителей, лекарей или аптекарей. Homunculus могло означать «малыш», «коротышка», и такое прозвище закрепилось бы за человеком невысокого роста. Однако в крестьянской среде, где преобладали исконно русские прозвища (Малыш, Кроха), латинская форма — редкость.

География фамилии практически не изучена. В современных базах данных и переписях Гомункулус почти не встречается — это штучная, единичная фамилия, возможно, утраченная или изменённая в советское время. Поиск в архивах XIX века может дать единичные упоминания в списках выпускников духовных академий, например, в Киеве или Москве.

Однокоренных фамилий в русском языке нет. Если встретите Гомункулуса — перед вами, скорее всего, потомок семинариста или человека, получившего фамилию по книжному прозвищу. Это не массовая, а редкая, почти лабораторная фамилия, которая прямо отсылает к латинской образованности и алхимической традиции.