Фамилия Гонатос — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с русской почвой. Сама структура фамилии — окончание на -ос — выдает греческие корни. В греческом языке суффикс -ος — стандартное окончание существительных мужского рода, и фамилии, образованные по этой модели, часто представляют собой застывшую форму прилагательного или существительного.

Наиболее вероятная версия: фамилия Гонатос происходит от греческого слова «γόνατο» (гонато) — «колено». В таком случае Гонатос — это прозвище, которое могло закрепиться за человеком с какой-то особенностью ног: например, с больными коленями, хромотой или, наоборот, с необычно крепкими, сильными коленями. В среде греческих пастухов, моряков или воинов прозвища по частям тела были не редкостью — они описывали внешность или физическую выносливость.

Менее вероятная, но не исключённая версия — топонимическая. В Греции есть несколько небольших населённых пунктов с корнем «гонат-», например, деревня Гоната (Гонатес) на полуострове Пелопоннес. В таком случае Гонатос мог означать «выходец из Гонаты» или «живущий у такого места». Однако такая версия требует дополнительных подтверждений, которых в открытых источниках нет.

В русской среде фамилия Гонатос встречается крайне редко и, скорее всего, принадлежит потомкам греков, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Это могли быть греческие купцы, моряки или преподаватели, которых приглашали для работы в южных губерниях — в Одессе, Мариуполе, Таганроге. Из-за редкости фамилии и её нетипичного для русского уха окончания она почти не подверглась русификации и сохранила исходную форму.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа «гонат-» и типичное греческое окончание «-ос». Никаких русских суффиксов (вроде -ов, -ин) она не содержит, что сразу отличает её от подавляющего большинства фамилий на территории бывшей Российской империи. Если вы носите эту фамилию, с высокой долей вероятности ваши предки были этническими греками, а сама фамилия указывает либо на физическую примету, либо на место, откуда они родом.