Фамилия Гонекина — женская форма, а её мужской вариант, Гонекин, образован по типичной русской модели с суффиксом -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гонекин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Гонека. Основа фамилии — прозвище Гонека — скорее всего, происходит от глагола «гонять» или «гнать». В русских говорах «гонека» могли называть человека, который много и быстро гоняет: либо почтальона, либо ямщика, либо просто непоседу. В некоторых диалектах «гонекой» называли и того, кто гонит скот — пастуха или погонщика.

Вероятность того, что корень связан с другим значением, невелика. Например, в польском языке есть слово «gonek» (гонщик), но для русской фамилии это скорее исключение, чем правило. Основная версия — прозвище по занятию или характеру, а не по географическому названию.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, например, в Вологодской и Костромской губерниях, где ямская гоньба была развита исторически. В списках крестьянских и мещанских фамилий XIX века Гонекины не фигурируют как дворяне, что указывает на простое происхождение: предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, чья жизнь была связана с дорогой и перевозками.

С точки зрения словообразования, фамилия Гонекин интересна тем, что у неё нет распространённого варианта с суффиксом -ов (Гонеков). Это говорит о том, что прозвище Гонека было личным, а не отчеством по отцу. Подобные фамилии на -ин от прозвищ на -а типичны для северных говоров, где часто сохранялись архаичные формы. Таким образом, носитель фамилии Гонекин — потомок человека, которого в деревне знали как Гонеку, то есть быстрого, подвижного или занятого перевозками.