Фамилия Гонзаченко звучит на южнорусский или украинский лад, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -енко — типичный для украинской и отчасти белорусской ономастики патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В донских и кубанских говорах такие фамилии тоже встречаются, но реже. Если бы фамилия была польской или белорусской, она могла бы оканчиваться на -ович или -ич. Стало быть, Гонзаченко — «сын Гонзака» или «потомок Гонзачихи».

Основа Гонза- — самая спорная часть. Первое, что приходит на ум: связь с польским именем Gonza (уменьшительное от Gonzaga, итальянского рода, известного в Речи Посполитой). Однако для крестьянской или казачьей среды это маловероятно: слишком аристократичный корень. Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит прозвище от глагола гонзать — в южнорусских говорах так называли непоседливого, суетливого человека, а иногда и того, кто «гоняет» скотину, то есть пастуха. В словаре Даля зафиксировано слово «гонза» в значении «беготня, суета» — отсюда и прозвище Гонзака, Гонзач.

Есть и вторая версия, менее очевидная: фамилия могла возникнуть от имени Гонза как искажённого варианта крестильного имени Гонзаго (в честь святого Алоизия Гонзаги). Католические святые почитались на западнорусских землях, и через польское влияние такое имя могло попасть в украинскую среду. Но в православной традиции это имя не встречается, поэтому версия с прозвищем и глаголом выглядит надёжнее.

Географически фамилия Гонзаченко тяготеет к левобережной Украине и югу России — Черниговщина, Полтавщина, Харьковщина, а также Кубань. Сословно носители, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами: патроним на -енко в XVII–XVIII веках активно закреплялся именно в казачьей среде, где фамилии часто давали по отцу или деду.

Интересная деталь: если сравнить Гонзаченко с однокоренными фамилиями — Гонза, Гонзаков, Гонзалевский, — то ясно, что суффикс -енко указывает на более позднюю и более «народную» стадию образования. Фамилии на -ский обычно носили шляхта и духовенство, а -енко — простые люди. Так что предок Гонзаченко, вероятно, был не суетливым пастухом, а просто человеком, которого в округе знали по прозвищу Гонзака, а его дети уже стали Гонзаченками.