Фамилия Гопзунькин настолько редкая, что её основа не встречается в основных ономастических словарях. Это не значит, что её происхождение не поддаётся анализу, — просто разбирать её придётся по элементам, а не по готовой словарной статье.

Первое, что бросается в глаза, — необычная основа «гопзуньк-». Она явно звуковая, экспрессивная. Скорее всего, в её основе лежит древнерусское или диалектное прозвище, образованное от глагола «гопнуть» (ударить, стукнуть) или междометия «гоп!» (прыжок, хлопок). Суффикс «-ун-» в русских прозвищах типичен для названий деятелей по характерному действию: «гопун» — тот, кто гопает, то есть шумно прыгает, хлопает, возможно, пляшет (ср. «гопак»). Форма «Гопзунь» могла возникнуть в говорах как вариант с дополнительным экспрессивным наращением «-з-» (ср. «гопзать» — топать, скакать, — слово, зафиксированное в псковских и тверских говорах). Таким образом, Гопзунь — человек подвижный, резкий, возможно, балагур или задира.

Фамилия образована по стандартной русской модели на «-кин». Суффикс «-ин» (в данном случае «-кин» от основы на мягкий согласный «-нь») указывает на принадлежность: «сын Гопзуни». То есть Гопзунькин — буквально «Гопзунев сын». Модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» и «-кин» встречаются чаще, чем на юге.

Географически фамилия могла закрепиться в районах, где бытовало слово «гопзать» — это Псковская, Тверская, Новгородская области. В этих же краях распространены фамилии с похожей звуковой основой: Гопкин, Гопов, Гопанчук. Однако Гопзунькин стоит особняком — это не вариант, а самостоятельное прозвищное образование, которое вряд ли связано с еврейской фамилией Гопник (от идиш «гоп» — вор) или с советским «гоп-стоп». Семантика здесь скорее плясовая, чем криминальная.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она если и встречалась, то в единичных записях. Сегодня носители Гопзунькина, судя по открытым данным, рассеяны по России единично, без выраженного гнезда. Это типичная «затухающая» фамилия, которая могла исчезнуть в XX веке из-за малого числа потомков, но сохранилась у нескольких семей. Её главная ценность — в редкой звуковой форме, которая ярко рисует образ предка: человека, чьё прозвище звучало как отголосок народной пляски или удалой выходки.