Фамилия Губенштейн — один из тех случаев, когда на слух очевидно немецкое происхождение, но при ближайшем рассмотрении корень оказывается спорным. Суффикс -штейн (нем. Stein — «камень») — типичная для немецких и еврейских фамилий вторая часть сложного слова, указывающая на место жительства (например, у скалы) или искусственно созданная в XIX веке. А вот первая часть, Губен-, заставляет задуматься.

Самая прямая версия — топонимическая. В Германии есть город Губен (Guben) в земле Бранденбург. Фамилия «Губенштейн» могла означать «камень из Губена» или «человек из Губена, живущий у скалы». Такая модель (город + -штейн) встречается у немецких фамилий, хотя и реже, чем просто «Губен» или «Губнер». В этом случае предки носителя фамилии были выходцами из этого региона.

Вторая версия — еврейская, искусственная. В XVIII–XIX веках, когда евреям Российской и Австрийской империй предписали взять фамилии, многие выбирали благозвучные немецкие сочетания. «Губен» не имеет прямого значения на идише, но мог быть искажением от Gut («добрый») или Gott («Бог»), превратившись в «Гутенштейн» (добрый камень), а затем упроститься до «Губенштейн». Либо же это переделка фамилии Губенский, Губенко под немецкое ухо.

Третья, менее вероятная гипотеза — основа от славянского прозвища «Губа» (обидчивый человек, либо тот, у кого заметные губы) с добавлением немецкого суффикса. Однако сращение славянского корня с немецким -штейн в одной фамилии — случай почти невозможный для бытовой ономастики. Такие гибриды возникали только в канцеляриях при искусственном присвоении фамилий, но для этого нет прямых подтверждений.

В России фамилия редкая, встречается в основном в записях конца XIX века в черте оседлости (Волынская, Киевская губернии) и среди еврейского населения, что склоняет чашу весов в пользу искусственного происхождения. В современной Германии фамилия тоже нечастотна, что говорит об её локальном или недавнем возникновении.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Губенштейн — либо немецкая топонимическая фамилия (из города Губен), либо искусственная еврейская, созданная по немецкой модели. Выбор между этими версиями требует генеалогического исследования: если предки жили в Бранденбурге — верна первая, если в местечках Украины или Беларуси — вторая.