Фамилия Губичева-Головкина двойная, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать каждую часть по отдельности, а затем посмотреть, как они могли соединиться.

Первая основа — Губичева. Она образована от прозвища Губич, которое, в свою очередь, связано со словом «губа». В древнерусском языке «губой» могли называть не только толстогубого человека, но и обидчивого — того, кто «надувает губы». Суффикс -ич в основе Губич указывает на отчество или прозвище по отцу: Губич — это буквально «сын Губы» или «человек из рода Губы». Дальше к этому прозвищу добавили типичный русский суффикс -ев, образующий фамилию: Губичев — «чей?» — то есть потомок Губича. Фамилия действительно древняя: в документах XV–XVII веков встречаются родственные имена, например, Иван Губанов (1495 г., Новгород) или Губин Иван, гость, которого в 1555 г. свели на житьё в Казань. Это подтверждает, что прозвища от слова «губа» были распространены в разных слоях общества — от крестьян до дворян.

Вторая основа — Головкина. Она идёт от прозвища Головка (уменьшительное от «голова»). Так могли назвать человека с необычно большой головой или, наоборот, с острым умом, «головой». Суффикс -к- здесь уменьшительно-ласкательный, что характерно для прозвищ, которые становились фамилиями. С. Б. Веселовский в своих работах по ономастике упоминает множество родственных прозвищ: Иван Владимирович Голова Ховрин (боярин), Головарь Иван (крестьянин, 1496 г., Олонец), Головастик Кузьма (бобыль, 1616 г., Арзамас), Головачев Борис Григорьевич (1492 г., Переяславль). Фамилия Головкин, а затем и Головкина, образовалась по той же модели: от прозвища Головка с суффиксом -ин, который в русском языке обозначает принадлежность (чей? — Головкин).

Двойная фамилия Губичева-Головкина — скорее всего, результат брака или объединения двух родов, когда к основной фамилии мужа (или жены) добавили вторую, чтобы сохранить память о другой ветви семьи. Такое часто встречалось в дворянских и купеческих родах. В данном случае обе части фамилии имеют прозвищное происхождение, никак не связанное с географией или титулом. Носитель этой фамилии мог быть потомком двух разных людей: одного с прозвищем Губич (обидчивого или толстогубого), другого — Головка (умного или большеголового).