Фамилия Губинец звучит редко и сразу обращает на себя внимание суффиксом -ец. В русской ономастике этот суффикс чаще всего указывает на принадлежность к местности: так образовывали названия жителей по месту жительства (вологжанец, тверич, москвич). Но в случае с Губинец география неочевидна — на карте нет крупного топонима «Губа» или «Губино», который бы однозначно дал такую форму.

Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия. Основа «губ-» в древнерусском языке имела два ключевых значения. Первое — часть лица, губы. Прозвище Губа давали человеку с заметными, толстыми или, наоборот, тонкими губами. Второе значение — «губа» как залив, изгиб берега, но в фамилиях эта семантика встречается реже, обычно в северных говорах. Суффикс -инец в таком случае работает как «сын Губы» или «человек из рода Губы»: Губинец — буквально «потомок того, кого прозвали Губой».

Подтверждает эту версию и то, что фамилия Губа — старая и хорошо задокументирована. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Губа Семенов, крестьянин конца XV века, и Губа Захарьин, помещик середины XVI века. От таких прозвищных имен легко образовывались фамилии с разными суффиксами: Губин, Губкин, Губанов. Губинец — более редкий вариант, закрепившийся, вероятно, в западнорусских или белорусских землях, где суффикс -ец продуктивнее.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь со словом «губить». Если прозвище Губинец давали человеку, который «губил» (разорял, портил), то это могло быть нелестное имя-оберег — чтобы злые духи не позарились на того, кого уже «испортили» прозвищем. Но ономастика обычно предпочитает более конкретные и бытовые объяснения, поэтому версия с прозвищем Губа выглядит убедительнее.

Фамилия почти не встречается за пределами восточнославянского ареала. В современных справочниках Губинец фиксируется в основном на Украине и в южных областях России, что косвенно подтверждает её западнорусское происхождение. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, получивших фамилию по прозвищу предка — без привязки к дворянству или духовенству.