Фамилия Губочан — редкий пример, где прозвищная основа и иноязычный суффикс образовали фамилию, звучащую одинаково естественно и по-русски, и по-украински. В центре слова лежит древнерусское «губа» — не рот, а гриб, нарост или губка. Прозвище Губа давали человеку с припухлыми, «губчатыми» чертами лица или с характерной мягкостью, даже плаксивостью — в говорах «губастый» означало обидчивый. От этого прозвища пошло множество фамилий: Губин, Губанов, Губарев, но Губочан стоит особняком.

Суффикс -ан (в полной форме -чан) в восточнославянских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к роду или местности: «Губочан» — буквально «сын Губы» или «человек из рода Губ». Сравните с украинскими фамилиями на -ан: Грицан, Петран, Иванчан. В русской традиции этот суффикс чаще попадался в северных и южных говорах, где он выполнял ту же роль, что и стандартное -ов. Таким образом, Губочан — это не географическое название, а патроним, застывшее указание на отца или основателя рода по прозвищу Губа.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с топонимом Губча или Губочи — село с таким названием существует в Закарпатье. Тогда суффикс -ан указывал бы на выходца оттуда: «губочанин», сокращённо Губочан. Но большинство носителей фамилии сосредоточено не в Карпатах, а в южнорусских и украинских областях — в Воронежской, Ростовской, Харьковской. Это говорит скорее в пользу прозвищного происхождения.

В сословном плане фамилия Губочан, судя по отсутствию дворянских гербов и редким упоминаниям в дореволюционных списках, была крестьянской или казачьей. В реестрах Войска Запорожского встречаются схожие прозвища, но сама фамилия в письменных источниках XVIII—XIX веков почти не фиксируется — она оставалась в устном быту до всеобщей паспортизации.

Сегодня Губочан — фамилия немногочисленная, но живая. Её носители могут считать себя потомками человека, которого когда-то прозвали за мягкий нрав или за особенность лица, а может — за любовь к грибам.