Фамилия Губочкина образована от прозвища или ласкового домашнего имени Губочка. Самый прямой и очевидный путь происхождения — от слова «губа». В русской традиции прозвища, связанные с частями тела, не редкость, но здесь важен уменьшительно-ласкательный суффикс -очк-. Он сразу меняет окраску: скорее всего, так родители называли своего малыша, возможно, пухлогубого или просто милого ребёнка. Взрослый человек тоже мог получить такое прозвище, если отличался красивыми, выразительными губами, — без всякой иронии.

Маловероятно, что прозвище Губочка носило уничижительный или насмешливый характер. В русском языке «губа» могла означать не только часть лица, но и, в переносном смысле, надутость, обидчивость («надуть губы»). Однако суффикс -очк- здесь скорее смягчает, чем усиливает эту негативную черту, поэтому версия про ироничное прозвище для напыщенного или обидчивого человека выглядит натянутой.

Ошибочной следует считать гипотезу, связывающую фамилию с тюркским именем Губа, которое переводится как «возвышенный». Эта версия не выдерживает критики: фамилия имеет славянскую словообразовательную модель, и корень здесь прозрачно русский, а не заимствованный. Если бы основа была тюркской, мы бы скорее увидели фамилии вроде Губаев или Губайдуллин.

С точки зрения словообразования, фамилия Губочкина — это типичная «матронимическая» или «прозвищная» форма. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Губочкин, то есть сын или потомок Губочки. Окончание -а — женский вариант, который в современном употреблении закреплён за женщинами. Таким образом, потомок человека по прозвищу Губочка со временем получил фамилию Губочкин, а его наследницы — Губочкины.

Географически фамилия редкая и встречается точечно, преимущественно в центральных регионах России. В дореволюционных переписях она не фиксируется как распространённая, что косвенно подтверждает её «домашнее», внутрисемейное происхождение: прозвище не вышло за пределы одного рода.