Фамилия Губылит — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичные для русских фамилий суффиксы -ов, -ин или -ский — их здесь нет. Окончание -ит наводит на мысль о заимствовании или об очень старой, возможно, диалектной основе.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Губыля или Губыла. В русских говорах слово «губа» имело не только прямое значение, но и переносное: так могли называть обидчивого, плаксивого человека («губу надуть»), либо, наоборот, говорливого и бойкого. Суффикс -ыл- в прозвищах характерен для северных и сибирских говоров (ср. «зубила», «крутила»), он придаёт слову оттенок деятеля — «тот, кто делает что-то с губой» или «обладатель приметной губы». Форма Губылит могла возникнуть как вариант фамилии Губылин, где конечное -ин под влиянием местного произношения или при записи в церковной книге превратилось в -ит. Такое явление встречается в северных регионах, где путали окончания.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — литовский или латышский след. В балтийских языках есть основа *gub- со значением «горбиться», «сгибаться», и фамилия могла быть переосмыслена на русской почве. Однако для такого вывода нужны документальные подтверждения, которых пока нет.

Социальный контекст: носители фамилии Губылит, скорее всего, происходят из крестьянского или мещанского сословия северных губерний — Архангельской, Вологодской, Вятской. Фамилия не дворянская и не купеческая, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Губылин, Губин, Губкин — все они идут от того же корня «губа», но с разными суффиксами. Губылит выделяется среди них именно своей редкостью и нестандартным окончанием, что делает её ценной для локальной ономастики.