Фамилия Гудгунавси — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий. Её структура выдаёт нерусское, скорее всего, тюркское или кавказское происхождение, которое подверглось русификации через добавление типичного русского патронимического суффикса.

Разберём основу. «Гудгун» (или «Гудгун») может восходить к тюркскому слову «гюдюк» (куцый, короткий) или к имени Гудгун, которое встречается у народов Дагестана. Вторая часть — «авси» — явно указывает на арабское «авс» (волк) или на имя Авс, популярное в исламской традиции. Таким образом, исходное имя-прозвище могло звучать как «Гудгун-Авс» — «Короткий Волк» или «Куцый Волк». Такое имя могли дать ребёнку как оберег от сглаза или как характеристику внешности.

Суффикс «-и» в конце — это не русский суффикс, а тюркский или иранский показатель принадлежности (например, «Гудгунавси» — «относящийся к роду Гудгун-Авса»). Когда носитель такой фамилии оказывался в русскоязычной среде, окончание могли осмыслить как типичное русское окончание фамилий на «-ий», но в документах закрепилась именно форма «Гудгунавси» — без изменений по падежам, что свойственно многим фамилиям кавказского происхождения.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Дагестану, где распространены составные имена с элементом «Авс». Встречается она и у азербайджанцев, и у кумыков. В русских переписях XIX века такие фамилии фиксировались редко, чаще у отставных солдат или переселенцев, которые получали паспорта с искажённой записью.

Корректной альтернативной версии нет: гипотеза о славянском корне «гудеть» и «гунавый» (гнусавый) не выдерживает критики, так как сочетание «гуд-гун» в русском языке не образует осмысленного прозвища. Фамилия Гудгунавси — это живой след межэтнического контакта, где тюркское имя получило русскую огласовку, а затем и паспортную форму.