Фамилия Гудушаури сразу выдает свои кавказские корни, а точнее — грузинское происхождение. Формант «-аури» (или «-ури») в грузинских фамилиях указывает на принадлежность к определенному роду или местности. В данном случае перед нами типичная модель, распространенная в восточной Грузии, особенно в регионе Кахетия и среди горных народов (хевсуров, пшавов, тушинов). Если бы фамилия оканчивалась на «-швили» (сын) или «-дзе» (рожденный), она была бы более общегрузинской, а «-аури» — маркер более узкой, локальной традиции.

Основа «Гудуш» — не имя в прямом смысле, а скорее прозвище или производное от топонима. Скорее всего, в основе лежит слово «гуд» — в грузинском языке это означает «мех» или «кожаный бурдюк» для вина или воды. Соответственно, «Гудуша» — это человек, имеющий отношение к выделке кожи, изготовлению бурдюков, или же прозвище, данное за внешнее сходство (например, полный человек, «как бурдюк»). Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с названием села Гудушаури или горы Гудуша, но такие топонимы, скорее всего, сами произошли от того же корня.

Таким образом, предок носителя фамилии Гудушаури мог быть кожевником, бондарем по кожаным изделиям или просто человеком, получившим колоритное прозвище «Бурдюк». В грузинской ономастике прозвища по ремеслу или внешности переходили в фамилии так же часто, как и по имени отца. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её сохранении в рамках одного-двух родовых гнезд, вероятно, в горной местности, где фамилии дольше сохраняют архаичную форму.