Фамилия Гудюшкин — редкий пример, где необычный суффикс спорит с неочевидным корнем. Если бы она оканчивалась на -ин, мы бы заподозрили основу на -а/-я: Гудюшка. Но суффикс -к- в фамилиях обычно указывает на уменьшительную или уничижительную форму личного имени или прозвища. Однако здесь -к- входит в состав основы, а суффикс фамилии — -ин, потому что корень оканчивается на согласный (Гудюшк-). То есть фамилия образована от прозвища или имени Гудюшка, Гудюшко.

Самая вероятная версия: основа — диалектный или просторечный вариант имени Гудий (каноническое Иуда) или Гуд (сокращение от Гудим, Гудослав). В русских говорах глагол «гудеть» дал прозвища Гуд, Гуда, Гудя — так могли назвать человека с низким голосом, любителя гудеть на дудке или просто ворчуна. Суффикс -юшк- вносит ласкательный оттенок: Гудюшка — «маленький Гудя» или «Гудя, которого жалеют». Это типичная модель для русских фамилий из бытовых прозвищ: Гудюшкин — «сын Гудюшки».

Менее правдоподобна связь с украинским или белорусским «гудзь» (шишка, нарост) — тогда фамилия писалась бы через «зь». Но в русской традиции перехода «дзь» в «дж» не было, а «Гудзь» дал бы Гудзькин или Гудзевич. Поэтому версия с глаголом «гудеть» надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Нижегородской губерниям, где были живы архаичные прозвищные формы. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Гудюшка, но в фамилию оно закрепилось поздно, уже после ревизий. Социально носители — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, никакой аристократии в этой модели нет.

Таким образом, Гудюшкин — это «сын того, кого звали Гудюшка», а Гудюшка — ласковое прозвище гудящего, играющего на дудке или просто шумного человека. Фамилия нечастая, но с прозрачной внутренней формой, которую не спутать с другими.