Фамилия Гулджонова — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти сразу, даже не заглядывая в переписи. Её основа не славянская, а иранская или тюркская, а суффикс «-ова» указывает на адаптацию к русской грамматической модели — так оформляли женский вариант фамилии, но в быту и документах мужская форма звучит как Гулджонов.

Корень фамилии — составное имя Гулджон. Первая часть, «Гул», восходит к персидскому «голь» (цветок, роза). Вторая часть, «джон», — это иранское «джан» (душа, жизнь). Вместе имя Гулджон означает «цветок души» или «душа-цветок». Такие составные имена с компонентом «джан» очень характерны для таджикской и узбекской антропонимии: вспомните хотя бы популярные имена Гулджан, Гулнора или Гульнора. В XIX — начале XX века у народов Средней Азии не было фамилий в привычном для нас смысле, а были личные имена и указания на отца. Фамилия Гулджонова, скорее всего, появилась уже при советской паспортизации — тогда имя отца (или деда) превращали в фамилию, добавляя русский суффикс. То есть предок носителя фамилии носил имя Гулджон.

Вероятность того, что фамилия образована от прозвища или названия ремесла, крайне мала. «Гул» на тюркских языках означает также «раб» (от арабского «гуль»), но в сочетании с «джон» это давало бы нелогичное значение «раб души», что нехарактерно для именных традиций. Поэтому разумнее придерживаться версии с именем-композитом.

Носители фамилии Гулджонова встречаются в основном в Таджикистане, Узбекистане, а также среди выходцев из этих стран в России. В российских базах данных фамилия редкая — её обладатели живут преимущественно в Москве, Санкт-Петербурге и нескольких областях Поволжья, куда в советское время приезжали работать из Средней Азии. Социальный состав предков, судя по всему, был крестьянским или ремесленным: имя Гулджон не было аристократическим, его давали в простых семьях.

Отдельно стоит заметить, что ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Гулджо́нова, хотя в устной речи возможны варианты. Встречается и написание с одной «н» — Гулджонова, но это, как правило, результат упрощения при записи в документах.