Фамилия Гунатиди — почти стопроцентный маркер греческого происхождения, причём не столько по звучанию, сколько по модели образования. Суффикс -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) — один из самых распространённых в новогреческих фамилиях, особенно у понтийских греков. Он восходит к древнегреческому патронимическому суффиксу, указывающему на принадлежность к роду: буквально «сын такого-то». Если убрать этот суффикс, остаётся основа Гунат-.

С корнем сложнее. Вероятнее всего, в основе лежит греческое слово γουνάτος (гунатос) — «колено» или, в переносном смысле, «коленопреклонённый», «согнутый». Прозвище Гунатос мог получить человек с характерной походкой, кривыми ногами или, реже, смиренный по характеру. Менее правдоподобная, но встречающаяся версия связывает основу с греческим γούνα (гуна) — «мех», «шуба». Тогда Гунатиди — «сын скорняка» или «сын того, кто носит шубу» (прозвище по одежде). Однако первая версия надёжнее: в греческой ономастике прозвища по физическим особенностям давали гораздо чаще, чем по предметам гардероба.

В России и странах бывшего СССР фамилия Гунатиди почти всегда указывает на понтийских греков, переселившихся из Малой Азии (историческая область Понт) на Кавказ и в южные регионы Российской империи в XIX — начале XX века. Поэтому географически фамилия тяготеет к Краснодарскому краю, Ставрополью, Ростовской области, а также к Грузии и Абхазии. Встречается и вариант написания Гунатидис — более близкий к греческому оригиналу, где окончание -ς (сигма) — это древний номинативный показатель, который в русской традиции часто отбрасывают.

Социальный состав носителей был пёстрым: среди понтийских греков были и зажиточные торговцы, и ремесленники, и крестьяне. Сама фамилия не указывает на дворянство или духовное сословие — это рядовая патронимическая фамилия, каких у греков тысячи. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в XVI–XVII веках, греческие фамилии на -иди могли оформляться и позже, вплоть до начала XX века, когда шёл массовый исход греков из Турции.

В итоге: Гунатиди — «сын Гунатоса», а сам Гунатос, скорее всего, был человеком с заметной особенностью ног или походки. Ничего обидного или унизительного в таком прозвище для своего времени не было — греки, как и многие народы, относились к бытовым прозвищам без жеманства.