Фамилия Гунгунчик — редкая и необычная по звучанию, её происхождение неочевидно, и здесь приходится строить гипотезы. Самая вероятная версия связывает её с украинским или польским диалектным словом «гунгун» или «гонгон». В польском языке «gongon» — это устаревшее подражательное название для какого-то низкого, гудящего звука, а в украинских говорах так могли называть невнятно говорящего человека, бормочущего себе под нос. Если это так, то прозвище Гунгун дали человеку с неразборчивой речью или привычкой говорить вполголоса. Суффикс «-чик» в фамилии — типично восточнославянский уменьшительный, указывающий на потомка или младшего родственника. То есть Гунгунчик — это буквально «маленький Гунгун» или «сын Гунгуна».

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение фамилии. В некоторых регионах (например, на Западной Украине или в Беларуси) фамилии с таким суффиксом давали сиротам или подкидышам, чьё происхождение было неизвестно, и она могла быть просто звучным, ни к чему не обязывающим прозвищем. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, и в дореволюционных справочниках она почти не встречается.

Географически фамилия Гунгунчик, скорее всего, тяготеет к западнорусским землям, которые входили в состав Речи Посполитой. Написание с буквой «е» в первом слоге («Генгунчик») или с «о» («Гонгунчик») — это не ошибки, а варианты, возникшие из-за аканья или местного произношения. В любом случае, основа фамилии — это прозвище по характерной черте поведения или речи, а не по профессии или имени.