Фамилия Гусишный — редкий пример, когда прозвище застыло не в стандартной патронимической форме (Гусев, Гусин), а сохранило суффикс принадлежности -ишн-, характерный для притяжательных прилагательных. Если Гусев — это «сын Гуся», то Гусишный буквально значит «гусиный», то есть принадлежащий, относящийся к Гусю. Такая модель встречается в русских фамилиях реже, чем -ов/-ев или -ин, и часто указывает на более позднее или диалектное происхождение.

В основе фамилии лежит прозвище Гусь. «Птичьи» прозвища были нередки в русских деревнях, и Гусь — одно из самых старых. Исторические источники фиксируют его в разных слоях общества: «Василий Константинович Гусь Добрынский, первая половина XV в.; Василий Федорович Гусь Товарков-Пушкин, вторая половина XV в.»; «Якимко Гусь, крестьянин Полского погоста, 1495; Гусь, земский человек на севере, начало XVI в.; Федор Гусь, крестьянин сольвычегодский, 1629; Кирюшка Гусь, казак, 1629; Микита Гусев, енисейский подьячий, 1675; Петрунко Гусь, шуянин, посадский, 1681» и др.

Прозвище Гусь человек мог получить за внешность (длинная шея, особенная походка вразвалку), за голос или за характер — несговорчивый, задиристый, «гусиный». Но в случае с формой Гусишный нельзя исключать и топонимическую версию: так могли назвать жителя деревни Гусево или Гусиши. Населенные пункты с названием Гусево встречаются в Белоярском и Туринском районах, в Кировской области (Шабалинский и Яранский районы), а также Гусевка (Даровский район). Если существовала деревня Гусиши (от собирательного «гуси»), то прозвище Гусишный значило бы «выходец из Гусишей».

Таким образом, фамилия Гусишный стоит в ряду «птичьих» прозвищ, но выделяется необычным суффиксальным оформлением. Она могла возникнуть и как прямое прозвище, и как указание на место жительства предка.