Фамилия Гвидоний звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ. Скорее всего, перед нами пример искусственной фамилии, созданной в духовной среде — в семинариях. В XVIII–XIX веках будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от латинских или греческих корней, чтобы выделить их из крестьянской и мещанской среды.

Основа фамилии — латинское имя Guido (Гвидо), которое восходит к древнегерманскому Wido, означающему «лес» или «широкий». В русской традиции это имя известно в форме Гвидон — так звали князя из «Сказки о царе Салтане» Пушкина. Но здесь мы видим окончание -ий, типичное для латинизированных форм (сравните: Юлий, Гораций). Таким образом, Гвидоний — это «принадлежащий Гвидо» или «Гвидиев», но оформленный по образцу церковных латинских имён.

Семинарские фамилии часто образовывали от имён святых или библейских персонажей. Святой Гвидо (Вид) почитается в католической традиции, но в православии это имя не распространено. Поэтому выбор такой основы мог быть данью моде на «учёные» фамилии, а не указанием на реального предка-иностранца. Встречается также вариант Гвидов, но Гвидоний — более редкая и книжная форма.

Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из семей потомственных священнослужителей, особенно из западных губерний Российской империи, где латинское влияние было сильнее. Встретить Гвидония в крестьянской среде почти невозможно — фамилия явно выдаёт искусственное происхождение. Сегодня она крайне редка, что делает её своеобразным маркером интеллигентного, книжного прошлого рода.