Фамилия Гюндогар — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия имеет совершенно нерусские корни, причём сразу в двух возможных направлениях. Если смотреть на неё через призму восточного происхождения, то основа — тюркское имя Гюндогар (или Гюндогду), что в переводе с турецкого и азербайджанского означает «рождённый днём» или «родившийся при свете дня» (gün — день, doğar/doğdu — рождается/родился). Такие имена давали мальчикам, появившимся на свет на восходе или в светлое время суток, — это распространённая модель имянаречения у тюркских народов. Однако окончание фамилии — «ар» (а не «-ов» или «-ин») указывает на то, что перед нами не русифицированная форма, а скорее всего, прямой перенос исходной фамилии или имени без адаптации. В русском контексте фамилии на «-ар» встречаются крайне редко и обычно либо заимствованы (как, например, татарские Габдулхаков, Абдуллаев), либо являются результатом поздней записи иностранной фамилии в документах.

Вторая, менее очевидная, но более редкая версия — связь с немецким или скандинавским языком. В немецком Gund (или Gund-) означает «битва», «война» (древневерхненемецкое gund, ср. с именем Гунтер). Вторая часть «-gar» восходит к древнегерманскому *gaizaz — «копьё». Таким образом, Гюндогар могло быть сложносоставным именем вроде древнегерманского Gundogar, где обе части означают воинские атрибуты: «боевое копьё». Такое имя действительно встречается в раннесредневековой Европе, но в России оно практически не фиксируется. Если фамилия и имеет германские корни, то её носители, скорее всего, были потомками обрусевших немцев (например, поволжских колонистов) или балтийских немцев, чьи фамилии при записи в русских документах искажались до неузнаваемости.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Гюндогар стоит особняком: в ней нет ни русского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин), ни типичного для тюркских фамилий окончания на «-ов» после русификации. Это говорит о том, что фамилия, скорее всего, не прошла через стандартную процедуру адаптации в XIX веке, когда крестьянам массово приписывали фамилии по отцу. Скорее всего, это фамилия, зафиксированная в документах уже в советское время, когда человека с тюркским или немецким именем записали так, как он сам себя назвал, без добавления русских окончаний. Географически фамилия почти не встречается — поиск по базам данных выдаёт лишь единичные случаи, что подтверждает её исключительную редкость. С уверенностью можно сказать лишь одно: предки человека с такой фамилией были либо выходцами из тюркской среды (возможно, крымские татары, азербайджанцы или турки), либо представителями немецкой диаспоры, но в любом случае — не из коренного русского крестьянства.