Фамилия Идусеев — редкая, и её разбор требует осторожности, поскольку на слух она кажется иноязычной, но на поверку оказывается вполне русской по модели образования. Суффикс -ев указывает на происхождение от отчества или прозвища, оканчивавшегося на -ей: Идусей — сын Идусея. Основа фамилии — имя или прозвище Идусей, которое, скорее всего, имеет тюркские корни.

Вероятнее всего, Идусей — это русифицированная форма тюркского мужского имени, например, Идус или Идес. В татарском и башкирском именослове встречается имя Идес (в значении «посланник», «вестник»), а также Идус, которое могло быть вариантом. Учитывая, что в русских говорах иноязычные имена часто обрастали типичными окончаниями (-ей, -ай), Идусей — это адаптация исходного имени для удобства склонения. Затем от этой формы по модели «чей сын?» — Идусеев — и возникла фамилия.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Предуралью — регионам, где исторически тесно переплетались русское и тюркское население. В метрических книгах XIX века Идусеевы встречаются среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Уфимской губерний. Это подтверждает бытовой, а не дворянский характер фамилии: её носители были выходцами из крестьянской или посадской среды, сохранившими в родовой памяти тюркское имя предка.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с русским диалектным словом «идус» — так в некоторых говорах называли ленивого или медлительного человека. Но эта гипотеза слабая: слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а в качестве прозвища оно почти не встречается. Поэтому тюркское происхождение остаётся основным.

Что касается ударения, то в фамилии оно падает на второй слог — Иду́сеев, хотя в бытовой речи можно услышать и варианты. В написании путаница редка: двойная «е» в середине (Идусеев, а не Идусов) — это как раз след того самого суффикса -ев, присоединённого к основе на -ей.