Фамилия Иенике — редкий пример немецкого по происхождению наследия в России, которое почти не изменило форму. В отличие от большинства остзейских фамилий, которые русифицировались суффиксами -ов или -ин, Иенике сохранило оригинальное немецкое окончание -е, что сразу указывает на балтийско-немецкие корни и, скорее всего, на принадлежность к городскому сословию или дворянству, а не к крестьянству, которое массово получало фамилии на -с.

Основа фамилии восходит к нижненемецкому или средневерхненемецкому личному имени Jänicke (или Jänke) — уменьшительно-ласкательной форме от Johannes (Иоанн). В диалектах северной Германии и Прибалтики суффикс -ke (аналог русского -ка, -енька) был типичен для обиходных имён. Таким образом, Иенике буквально означает «маленький Иоганн» или «Иванушка», но не в прямом смысле роста, а как фамильярное прозвище, которое со временем закрепилось за родом.

В Российской империи эта фамилия встречалась почти исключительно среди немцев Поволжья и прибалтийских немцев (остзейцев). Географически её ядро — бывшая Лифляндская губерния и колонии на Волге, где немецкие общины долго держались за родной язык. Написание могло колебаться: в метрических книгах XVIII—XIX веков встречаются варианты Jänicke, Jänike и Ienike, пока не закрепилась форма через «и».

От других немецких фамилий на -ке (например, Мюллерке, Шмидтке) Иенике отличает то, что это не профессиональное прозвище, а патроним — фамилия, образованная от имени отца. Предки первых носителей, скорее всего, были не ремесленниками, а людьми, получившими фамилию по отцу, что типично для бюргерских и пасторских семей. В дворянских гербовниках эта фамилия не значится, поэтому речь идёт о городском или сельском среднем классе немецких колонистов.