Фамилия Иханиева почти наверняка образована от мужского имени Иханий, которое представляет собой русскую народную форму церковного имени Иоанн (Иван). Механизм здесь тот же, что и в фамилиях Иванов, Иванцов, Иванчиков, но с другим суффиксом. В русских говорах, особенно южнорусских и украинских, имя Иван давало множество производных: Иха, Ихана, Иханя. Форма «Иханий» — это полное имя с книжным окончанием, которое в крестьянской среде могло звучать как «Иханей» или «Ихан». Фамилия Иханиев (а женская форма — Иханиева) закрепилась в документах, когда отца звали Иханий, то есть попросту Иван, но в местном диалектном произношении.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й»: Иханий → Иханиев. Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, но именно с этим корнем она встречается редко. Фамилия не имеет отношения к армянскому или грузинскому языку, хотя окончание «-ева» может навести на мысль о восточном происхождении. В действительности это чисто славянская, вероятно, западнорусская или украинская фамилия, где «Иханий» — простонародный вариант канонического имени.

Встречается она преимущественно в южных областях России и на Украине. Носительницы фамилии Иханиева — потомки человека по имени Иханий, то есть Ивана, которого в деревне звали нестандартно, но понятно для всех. Никакого тайного смысла или редкого занятия предков за фамилией не стоит: только имя, немного изменённое местным говором.