Фамилия Иксов — редкий случай, когда прозвище или нецерковное имя стало основой для фамилии не через суффикс принадлежности, а через сложение с суффиксом -ов. В русской ономастике такой модели почти нет: обычно фамилии образуют от реальных слов, а не от букв или символов. Но здесь основа — «икс», и её происхождение неочевидно.

Самая вероятная версия: «икс» — это искажённое или сокращённое прозвище человека, которого в быту называли «Хикс» или «Икса». В северных и сибирских говорах «икса» означала «рыболовная сеть» или «мелкая ячейка сети», а также «петля» или «загиб». Прозвище Икса могли дать рыбаку, который плел сети, или человеку с характерной сутулостью, напоминающей изгиб. Фамилия Иксов в таком случае — «сын Иксы», то есть потомок того самого рыбака или мастера.

Менее вероятная, но возможная гипотеза: фамилия связана с греческой буквой «икс» (χ, хи). В среде духовенства или учителей в XIX веке могли дать прозвище Икс ученику, который отличался в математике или грамматике. Однако это объяснение слабое: фамилии от названий букв в России почти не встречались, а если и возникали, то чаще от кириллических названий («Херов», «Фертов»), а не от греческих.

География фамилии узкая. Иксовы фиксируются в основном в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает связь с северным диалектом. В центральных губерниях фамилия практически не встречается. Это типичная локальная фамилия, образованная от местного прозвища, а не от книжного слова.

По сословной принадлежности — скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не известно. В документах XIX века Иксовы упоминаются как государственные крестьяне или мастеровые.

Однокоренных фамилий почти нет. Встречается вариант Иксанов (с суффиксом -ан), но он ещё реже. Сравнение с фамилией Иксов показывает, что модель на -ов была доминирующей для прозвищ на -а, а -ан остался как региональная особенность.