Фамилия Илиупов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не профессия, а топоним, причем не славянский, а греческий. Разбираем её по косточкам.

Главная версия происхождения — от названия города Илион. В античности так называли Трою (от греческого Ἴλιον, Ílion). Прилагательное «илиупский» означало «относящийся к Илиону», а фамилия Илиупов — это «сын илиупца», то есть выходца из этого города. Но тут есть нюанс: в реальной истории фамилия не могла возникнуть в Древней Греции, она появилась в среде русского духовенства или образованных слоев, которые брали фамилии по библейским и античным топонимам в XVIII–XIX веках. Семинаристы, получавшие фамилии при поступлении в училища, часто брали звучные, «ученые» варианты — так Илиупов мог появиться у человека, чей предок учился или служил в храме, посвященном Илиону, или просто из желания придать фамилии книжный, классический оттенок.

Менее вероятная, но допустимая версия — от тюркского имени Илип (вариант Алип, от арабского «алиф» — первая буква, в переносном смысле «первый, главный»). В таком случае фамилия означала бы «потомок Илипа». Однако греческая версия выглядит убедительнее: суффикс -ов в сочетании с основой на -уп (а не на -ип) типичен для русских фамилий, образованных от греческих прилагательных на -ский, -упский. Сравните с фамилиями Илиодоров, Иеропольский — та же модель.

Географически фамилия крайне редкая. Встречается в основном в центральной России и Поволжье, но единично. Нет данных о массовом бытовании в каком-либо регионе. Сословно — почти наверняка духовное или разночинское: крестьяне и купцы такие «книжные» фамилии не брали. Илиуповы могли быть священниками, дьяконами или учителями церковно-приходских школ.

Однокоренных фамилий в русском языке нет: Илиупов стоит особняком. Близкие по звучанию Ильин, Ильинский — от имени Илья, а не от Илиона. Так что Илиупов — это фамилия-памятник, осколок античной географии, попавший в русский быт через духовные училища.