Фамилия Имегенов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии, а указывает на тюркские или монгольские корни. Скорее всего, в её основе лежит имя Имеген (Имэгэн). В бурятском и монгольском языках слово «имэгэн» означает «коза». Сложно сказать, было это прозвище по характеру (например, бодливый или упрямый человек) или же именем-оберегом — у многих народов Сибири и Центральной Азии детям давали «звериные» имена, чтобы отвести злых духов. Встречается и версия, что Имеген — это вариант имени Эмэгэн («старуха», «бабушка»), но она менее вероятна: такое имя обычно давали девочкам, а фамилия Имегенов — мужская.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычной основы. Это типично для народов, вошедших в состав Российской империи: бурят, калмыков, якутов. В XIX — начале XX века при крещении или при получении паспорта человеку записывали отца по имени: Имеген — сын Имегена — Имегенов. Поэтому географически фамилия привязана к Бурятии, Иркутской области, Забайкалью, а также к местам расселения калмыков и тувинцев.

Интересно, что в бурятском языке есть слово «имэгэн» и в значении «самка» (применительно к животным). Если предок получил прозвище за хозяйственность или за то, что пас коз, это вполне объяснимо. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или казачьей среды, где прозвища часто были простыми и бытовыми.

Встречаются однокоренные фамилии: Имегенов, Имегэнов, а также похожие по модели образования — Базаров, Доржиев, Цыренов. Все они строятся по одному принципу: имя отца + русский суффикс. Имегенов — не самая распространённая фамилия, но её носители встречаются и в России, и в Монголии, где фамилии часто образуют от тех же корней, но без суффикса — просто Имеген.