Фамилия Имыкшенова — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа и структура сразу указывают на восточное, скорее всего тюркское или монгольское, происхождение. Разбор фамилии стоит начать с её нестандартного для славянских языков корня.

Корень «Имыкшен» (или «Имыкшан») не имеет прямых параллелей в древнерусской лексике. С высокой вероятностью, он восходит к личному имени или прозвищу, образованному в одной из тюркских языковых групп — например, в алтайской, хакасской или тувинской. В этих языках распространена модель, где к основе имени добавляется аффикс принадлежности или уменьшительности. Возможна связь со словом «имык» в значении «метка», «знак» или «тамга» — в таком случае прозвище могло относиться к человеку, имевшшему особое родовое клеймо или знак отличия. Другая версия — происхождение от древнего личного имени Имык, которое могло означать «друг», «спутник» или «верный».

Суффикс «-ова» — это типичный русский патронимический суффикс, который присоединялся к фамилиям при их русификации. В данном случае он указывает на принадлежность к роду человека по имени Имыкшен: буквально «дочь (или жена) Имыкшена». Форма на «-ова» (женский род) говорит о том, что фамилия закрепилась в русской документации именно в женском варианте, что часто происходило при записи женщин в метрических книгах или при браке.

Географически фамилия Имыкшенова тяготеет к регионам Южной Сибири и Дальнего Востока, где исторически проживают тюркоязычные народы — алтайцы, шорцы, хакасы, а также к монголоязычным бурятам и калмыкам. Встречается она преимущественно в Республике Алтай, Красноярском крае, Хакасии, а также среди потомков переселенцев в Казахстане и Средней Азии. В центральной России эта фамилия практически не встречается, что делает её ярким маркером сибирского или азиатского происхождения носителя.

С социальной точки зрения, предки носителей фамилии Имыкшенова, скорее всего, относились к коренным народам Сибири, ведущим кочевой или полукочевой образ жизни. Они могли быть скотоводами, охотниками или ремесленниками. Фамилия не несёт следов дворянского или купеческого сословия — она бытовая, «народная», что типично для фамилий, возникших у нерусских народов при их интеграции в российскую систему учёта в XIX–XX веках.

В ономастических справочниках (например, в работах В. А. Никонова по тюркским фамилиям) подобные образования описываются как результат межэтнического контакта: тюркское личное имя плюс русский фамильный суффикс. Для фамилии Имыкшенова это наиболее правдоподобное объяснение. Другие версии, например, связь с каким-либо заимствованным европейским корнем, выглядят натянутыми и не подтверждаются реальным распространением фамилии.