Фамилия Индуатов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, что она значит, нужно отбросить привычную логику русских фамилий на -ов и присмотреться к основе. Суффикс -ов тут стандартный, указывает на принадлежность («чей?» — Индуатов), а вот корень «Индуат» — явно нерусский.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «инду» или «индуз» могло означать «индиец» или «человек из Индии». В тюркской среде так могли прозвать человека со смуглой кожей, черными волосами или просто того, кто торговал индийскими товарами (пряностями, тканями). По другой версии, основа восходит к арабскому имени «Хинд» (женское имя, буквально «Индия»), которое через тюркское посредничество дало форму «Индуат». В таком случае фамилия образована от личного имени, возможно, женского, что для патронимических фамилий редкость, но не исключение в регионах с сильным исламским влиянием.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам расселения татар, башкир и других тюркских народов. Встречается она и у казахов. Фамилия Индуатов могла возникнуть в среде служилых татар или торговых людей, которые имели контакты с восточными купцами. Сословно её носители скорее всего были крестьянами или мещанами, реже — купцами, но документальных подтверждений дворянства нет.

Сравните с однокоренными фамилиями: Индуков (от «индюк» — птица, но это народная этимология), Индусов (от имени Индус, распространенного у народов Средней Азии). Индуатов стоит особняком: в нём нет ни птичьего, ни прямого индийского следа, а есть именно прозвище по внешнему признаку или имени. Если искать самую точную параллель, то это фамилия Индубаев, где корень тот же, а суффикс другой.

В написании фамилии возможны варианты: Индуатов и Индуятов (через «я»). Второй вариант встречается реже, но он мог возникнуть из-за местного произношения, где «а» после мягкого согласного звучит как «я». Однако в документах, как правило, закрепилась форма с «а».