Фамилия Инцубаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — Инцуба — не встречается в современных русских именах или прозвищах, поэтому искать корни стоит в неславянских языках.

Скорее всего, фамилия имеет тюркское происхождение. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском или ногайском, существует слово «инцу» или «инджи» — «жемчуг», а также «инджи» как ласковое обращение. Суффикс -бай — типичный компонент тюркских имён, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, Инцубай — это составное имя: «жемчужный богач» или «господин, подобный жемчугу». В прошлом такие имена давали мальчикам, желая им благополучной и ценной жизни.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилию «обрусели»: Инцубаев — буквально «сын Инцубая». Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов или в смешанных регионах, например, на Северном Кавказе, в Поволжье или в казахских степях, где русская администрация фиксировала имена по отчеству.

Другая, менее правдоподобная версия — связь с диалектным словом «инцуха» (нечто мелкое, незначительное) или с фамилией Иноземцев, но она не выдерживает критики: суффикс -бай слишком характерен и не встречается в исконно русских прозвищах.

Географически фамилия Инцубаев встречается в основном на юге России, в Ставропольском крае, Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Это подтверждает её кавказско-тюркский след. Носители фамилии в XIX — начале XX века, вероятно, были крестьянами или казаками, принявшими православие, но сохранившими родовое имя.

Словообразовательная модель проста: корень Инцуб- (от тюркского имени) + суффикс -аев (вариант -ев после гласной основы). Сравните с фамилиями Кубаев, Тохбаев, Абаев — все они построены по одному принципу. Инцубаев отличается лишь редкостью первой части, что делает фамилию уникальным маркером небольшой родовой группы.