Фамилия Иодейкис — редкий для русского уха случай, где почти каждый элемент выдаёт иноязычное происхождение. В первую очередь это литовская фамилия, образованная по типичной для литовской антропонимии модели: основа + суффикс -айтис (-aitis) или его варианты. В русской передаче конечное -ис — это русифицированное окончание, которое часто появлялось при записи литовских фамилий в документах XIX–XX веков. Исходная форма могла выглядеть как Iodaitis или Jodaitis.

Корень Иодей- восходит к литовскому слову juodas — «чёрный». В литовских фамилиях этот корень встречается часто: Juodaitis, Juodėnas, Juodvalkis. «Чёрный» могло быть прозвищем по цвету волос, смуглой коже, тёмной одежде или даже по характеру — угрюмому, скрытному. Суффикс -айтис в литовском языке указывает на потомка, сына: Juodaitis буквально — «сын Чёрного» или «потомок того, кого прозвали Чёрным». Таким образом, Иодейкис — это русифицированная запись литовской фамилии, означавшей «чернявый» или «сын чернявого».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Литва, северо-запад Беларуси, частично Латгалия. После присоединения этих земель к России в конце XVIII века литовские фамилии активно записывали на русский лад, добавляя окончание -ис или -ус, а иногда меняя ударение. Встречаются варианты написания: Йодейкис, Ядейкис, Иодайтис — все они отражают один и тот же корень и разную степень адаптации.

Социальный контекст фамилии — крестьянский или мещанский. Литовские фамилии на -айтис в массе своей принадлежали простым людям, не дворянам. Дворянские литовские фамилии чаще имели окончания -ский или -ич. Поэтому предки носителей фамилии Иодейкис, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками из числа литовских крестьян, чью фамилию записали при паспортизации или переписи в XIX веке.

В современной России фамилия встречается крайне редко, в основном в Москве, Санкт-Петербурге и Калининградской области — то есть в регионах, куда литовское население мигрировало в советское время. В самой Литве фамилия Juodaitis сохранилась, но в русской передаче Иодейкис почти исчезла, уступив место литовскому оригиналу.